高い発電効率

燃料電池は、電気化学反応によって燃料の持つ化学エネルギーを直接電気エネルギーに変換するため、エネルギー変換に伴って発生する損失が少なく、高い発電効率（５０％以上）が得られます。反応で発生する高温排ガスの熱回収をすることにより、総合効率で６０％〜８０％が有効利用できる省エネルギー性に優れた装置です。

環境に優しい

天然ガス、ＬＰＧ等の化石燃料や、下水汚泥・家畜汚泥処理・食品工場の廃水処理・生ごみのメタン発酵処理過程で得られるバイオガス（メタンガス）、研究所や製造工場からの廃メタノールを燃料にして、発電することができます。廃棄物の持つエネルギーを有効利用するリサイクルシステムの形成が可能です。

多様な燃料

排ガス中に、大気汚染の原因となる窒素酸化物（ＮＯｘ）、硫黄酸化物（ＳＯｘ）をほとんど含みません。また、総合効率が高いので二酸化炭素（ＣＯ２）の発生も少なくなります。地球温暖化の防止に貢献できる低環境負荷型の発電方式です。

低騒音・低振動

基本的には電気化学反応で発電するためエンジンやタービンのように騒音・振動を発生するものがありません。一部補機としてのファン、ブロワー、ポンプなどの機器から発生する音がありますが、他の発電装置と比べて極めて低騒音・低振動です。